Jakob Spahn wurde in Berlin geboren und ist seit 2011 Solocellist im Bayerischen Staatsorchester. Sein Studium absolvierte er an der Hochschule für Musik „Hanns Eisler“ in Berlin bei David Geringas und Claudio Bohórquez und schloss sein Solistendiplom mit Auszeichnung ab. Weitere künstlerische Impulse erhielt er bei Meisterkursen von Frans Helmerson, Bernard Greenhouse, Steven Isserlis und Yo-Yo Ma.
Als Stipendiat des Deutschen Musikwettbewerbs gehörte er bei den „Konzerten junger Künstler“ zur Bundesauswahl und wurde von der „Studienstiftung des Deutschen Volkes“ und dem Verein „Yehudi Menuhin Live Music Now“ unterstützt. Er war Preisträger zahlreicher Wettbewerbe (unter anderem Sonderpreis der Alice-Rosner-Foundation für die Interpretation von Pendereckis Capriccio per Sigfried Palm beim ARD-Wettbewerb München) und zwei Jahre lang als Stipendiat Mitglied der Karajan-Akademie der Berliner Philharmoniker. Konzertreisen führten ihn durch Europa, Asien und Amerika. Er war beim Mecklenburg-Vorpommern-Festival, dem Usedomer Musikfestival und dem Zermatt-Festival zu Gast. Als Kammermusiker ist er mit dem Scharoun Ensemble und Künstlern wie Leonidas Kavakos, Heinz Holliger, Mitsuko Uchida und Lang Lang aufgetreten.
Als Solist konzertierte er mit dem Wiener Concert Verein, der Sinfonia Iuventus Warschau, der Russischen Kammerphilharmonie St. Petersburg, der Württembergischen Philharmonie Reutlingen, dem Philharmonischen Orchester Heidelberg, der Südwestdeutschen Philharmonie Konstanz und dem Bayerischen Staatsorchester. Sein besonderes Interesse gilt der zeitgenössischen Musik, die sich in der Zusammenarbeit mit Komponisten wie Krzysztof Penderecki, Ursula Mamlok und Krzysztof Meyer widerspiegelt. Unter Pendereckis Leitung hat er dessen erstes Cellokonzert sowie sämtliche Werke für Violoncello solo eingespielt. Seine Aufnahme von Benjamin Brittens Solosuiten wurde für den Preis der Deutschen Schallplattenkritik nominiert.
Seit 2020 ist er Professor für Violoncello an der Musikhochschule Nürnberg; außerdem gibt er regelmäßig Meisterkurse bei Festivals wie der Académie Internationale d’Été de Nice, der Sommerlichen Musikakademie Hamburg und der Celloakademie Rutesheim.